Hitorijime Boyfriend nos cuenta la historia de Kensuke, un chico que se tuvo que separar en la primaria de Hasekura, su mejor amigo. Como no supo cómo encarar la situación, lo rechazó y le cortó el rostro y nunca tuvo el valor de disculparse, aunque ya en el colegio secundario, entendió lo inmaduro que fue.

Sin embargo, tres años más tarde, Hasekura vuelve a aparecer en su vida totalmente cambiado y poniéndolo entre la espada y la pared, volviendo a complicar la relación entre ellos… ¿podrá Kensuke aceptar sus sentimientos?